A főiskolát Magyar Bencés Kongregáció, a Magyarok Nagyasszonya Ferences Rendtartomány és a Piarista Rend Magyar Tartománya hozta létre, saját teológiai főiskoláik egyesítésével, hogy azok meg tudjanak felelni az 1993. évi felsőoktatási törvény követelményeinek, és a szerzetesnövendékeket magasabb színvonalú képzésben részesítsék. 1996-ban a három szerzetesrend elöljárója és a zirci ciszterci főapát megalakították a Sapientia Szövetséget, és az integráció előkészítésével Lukács László piaristát bízták meg.
A szerzetesi főiskolák egyesülését az 1999. évi egyetemi integrációs törvény is tartalmazta, 2000. január 1-jei hatállyal. Az Egyház részéről a főiskola alapítása a római Szerzetesi Kongregáció levelével történt meg. Eközben a zirci ciszterci főapátság elállt az integrációtól, de csatlakozott hozzá a Ward Mária Hittanárképző Intézet, hogy a Sapientia esti tagozataként működjön tovább.
A főiskola első tanéve 2000 szeptemberében kezdődött, a Váci utcai piarista épület északi részében, a kápolna melletti termekben. Végleges székhelyét, az épület déli részét 2002 novemberétől foglalhatta el, miután 2001-ben az Eötvös Loránd Tudományegyetem kiköltözött az épületből, majd László Tamás és O. Ecker Judit tervei szerint, az egyetemi integrációhoz biztosított állami forrásból megtörtént az épületrész teljes felújítása. A főiskolai kápolnát, 2004-ben szentelte föl Várszegi Asztrik pannonhalmi főapát.
A Sapientia egyrészt hatéves teológusképzést nyújt, elsősorban férfi szerzetesnövendékek számára, másrészt lehetővé teszi szerzetesek, szerzetesnők és világiak teológiai, kateketikai és lelkipásztori kisegítői képzését, emellett világiak képzését és továbbképzését különféle nevelői, pasztorális, család- és gyermekvédő szakokon. 2008-ban saját tudományos folyóiratot indított Sapientiana címen.
